Estas pueden revestir un carácter de suma gravedad, comprometiendo gran parte o la totalidad de la cosecha o la vida misma de las plantaciones afectadas. Entre las enfermedades más importantes está, la moniliasis, Mazorca Negra, Mal del Machete, la antracnosis las Bubas por la magnitud de pérdidas que causa y el desánimo que infunde en el agricultor, quien al no poder controlarla, ha sustituido el cacao por otros cultivos.
3.1.1 La Moniliasis. 
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La monilía del cacao es una enfermedad causada por el hongo Moniliophthora roreri, aunque actualmente algunos Científicos la han identificado como Crynipelis roreri, sin embargo aún no se ha oficializado. Es un hongo que ataca únicamente las mazorcas o frutos de cacao en cualquier edad, causando Pudrición de los granos. A esta enfermedad también se le conoce como: Moniliasis del cacao, Pudrición acuosa, Mano de Piedra, Helada, Mancha ceniza o enfermedad de Quevedo. La severidad del ataque de la Monilia varía según la zona y época del año, de acuerdo con las condiciones del clima. Aparentemente las temperaturas altas son más favorables para la diseminación de la Monilia.
3.2.2 La mazorca negra.
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Esta es la enfermedad más importante del cacao en todas las áreas cacaoteras del mundo; causada por hongos del complejo Phytophthora, es responsable de más pérdidas en las cosechas que cualquier otra enfermedad existente en la región. Aunque el hongo puede atacar plántulas y diferentes partes del árbol de cacao, como cojines florales, chupones, brotes, hojas, ramas, tronco y raíces, el principal daño lo sufren las mazorcas.
La Mazorca negra se encuentra en todos los países que cultivan cacao. Fue reportada por primera vez en el año 1727 en la isla de Trinidad. Se estima que las pérdidas causadas por este hongo a nivel mundial son del 10 al 20 porciento. Es considerada la enfermedad más importante en un 80 porciento de los países productores de cacao.
3.3.3 Mal del machete. Producto para el control ECOL
Causada por el hongo Ceratocystis fimbriata destruye árboles enteros. El hongo siempre infecta al cacao por medio de lesiones en los troncos y ramas principales y puede matar a un árbol rápidamente. Si no se realiza un buen control de los árboles muertos por esta enfermedad, puede causar una pérdida de árboles muertos hasta del 10 porciento a lo largo de varios años, principalmente en plantaciones abandonadas
3.4.4 Antracnosis.
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La Antracnosis del cacao es causada por el hongo Colletotrichum gloeosporoides Penza. Conocida con el nombre común Antracnosis donde se ha distribuido mundialmente. En el cacao el hongo ataca el tallo, hojas, chupones y frutos. El daño a las mazorcas no es económicamente importante, aunque sí lo es la lesión a los tallo.
3.5.5 L as bubas.
Se caracterizan por un abultamiento y crecimiento anormal de los cojines florales. Aunque se han identificado cinco tipos diferentes de bubas, solamente dos son importantes: la buba de puntos verdes, causada por el hongo Calonectria (Fusarium) rigidiuscula, y la buba floral, cuyo agente causal se desconoce.3.6.6 Escoba de bruja
Esta enfermedad afecta a las plantas de cacao, especialmente a los brotes vegetativos, cojinetes florales y frutos jóvenes; en resumen ataca a tejidos meristemáticos (jóvenes), en activo crecimiento. Es conocida con el nombre científico de (Crinipellis perniciosa). La escoba de bruja da origen a brotes mal formados, proliferación e ramas laterales; en los cojinetes florales produce la formación de brotes vegetativos y/o flores y mazorcas anormales en forma de chirimoyas, zanahorias, ocasionando en frutos jóvenes y adultos manchas necróticas en la corteza y maceración en las almendras.
Las causas de estas enfermedades obedecen aun mal manejo de las plantaciones, por el abandono de los productores y la escases de conocimientos técnicos aplicables al rubro, por otra parte a las malas condiciones climatológicas en determinadas regiones.
Otro factor causante de las proliferaciones de estas enfermedades, es que normal mente no existe normas y leyes que regulen a los productores que tienen plantaciones infectadas sin tomar medidas de control sanitario, provocando las infecciones a las plantaciones que se encuentran al entorno.
Las enfermedades son causadas generalmente por hongos y agentes patógenos de rápida reproducción que se trasmite atreves del contacto entre planta y el hombre, los animales y la acción del viento.
3.3.1. La Moniliasis.
Unos de los primeros síntomas externos de la enfermedad es que se forma mancha de color chocolate donde todos los granos y tejidos ya están afectados.
Los puntos grasientos son difíciles de ver, pero si se hace una buena revisión de la mazorca, pueden observarse en las mazorcas de color verde, los puntos son de color amarillo. En los frutos de color rojo, los puntos son de color anaranjado para comprobar que la mazorca está infestada pelamos apenas la cascara con el machete donde se observe el lugar claro y si se notan puntitos café el hongo ya entró al fruto. En muchas ocasiones ya hay pudrición de las semillas.
Los abultamientos o gibas se presentan en los dos primeros meses de edad del fruto, que es el estado de pepinillo de la mazorca, y aparecen a causa de la entrada del hongo en el fruto. Cuando las mazorcas con giba o chichote se dejan en el suelo el desarrollo de la enfermedad se detiene y no se producen esporas.
La madurez prematura es un síntoma engañoso, ya que al observar una mazorca, se puede creer que ha madurado, pero al abrirla, se encuentra que las semillas están podridas. Los frutos con este síntoma son más pesados que las mazorcas maduras sanas.
Las manchas café chocolate, crecen de forma irregular hasta cubrir totalmente la mazorca. Al avanzar la mancha, el fruto se pone más pesado y comienza a secarse. Las mazorcas dejadas en el suelo en el estado de mancha chocolate llegan a producir esporas o semillas que pueden infectar otros frutos hasta por 20 días.
El último síntoma en un fruto atacado por la Monilia, es la aparición sobre la mancha chocolate, de un polvo blanquecino que luego se vuelve cremoso. Esto aparece 6 ó 10 días después de las manchas chocolate y es muy peligroso, ya que este polvo son las esporas o semillas del hongo, que pueden infectar otros frutos o plantaciones sanas. Las mazorcas dejadas en el suelo con polvo blanco pueden infectar a otras mazorcas y plantaciones sanas durante 30 días.
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3.3.3 Antracnosis.
Las hojas del cacao atacadas por la enfermedad se van secando del borde hacia adentro. Cuando están completamente secas, las hojas se caen, dejando las ramas y ramillas peladas.
Cuando empieza a secarse toda la ramilla ocurre la "muerte descendente" del árbol. Esta es una quema que empieza en las hojas y que se va corriendo hacia abajo,matando la rama entera.
En las mazorcas aparecen manchas de color café y de apariencia hundida. Luego aparece sobre la mancha una felpa de color rosada.
El daño de la Antracnosis pocas veces llega a afectar seriamente las semillas. Las mazorcas que son ligeramente afectadas, pueden ser cosechadas y aprovechadas sus semillas.
3.3.4. Las bubas.
Abultamiento y crecimiento anormal de los cojines florales la buba de puntos verdes, causada por el hongo Calonectria (Fusarium) rigidiuscula, y la buba floral,
3.3.5 Escoba de bruja
El cuadro sintomatológico de la escoba de bruja representa un interés practico en el diagnostico de la enfermedad. Los síntomas han sido descritos por varios investigadores a partir de estudios sobre el proceso de infección en yemas vegetativas, cojines florales y frutos.
Síntomas primario: Hipertrofia en la base del hipocotíleo;
Las infecciones artificiales de la semilla pre-germinada (3 - 4 mm de longitud). El sistema radicular de las plantas infectadas presenta un desarrollo muy escaso en relación con plantas sanas.
Síntomas secundarios: Tristeza, clorosis y secamiento foliar: Algunas plantas antes de morir presentan varios síntomas secundarios, tales como:
a) Tristeza: que se manifiesta por un debilitamiento de la plántula con las hojas en posición subnormal;
b) Clorosis: de las hojas siendo muy delgadas y de consistencia apergaminada y
c) Secamiento de la hoja: presentando una consistencia quebradiza. Las semillas provenientes de frutos infectados pueden originar plántulas con hipertrofia del hipocotíleo, pero más leve.
Síntomas en yemas de plántulas
Escoba típica: Consiste en la hipertrofia del brote principal y el desarrollo de yemas axilares también hipertrofiadas; proliferación, agrandamiento y persistencia de las estípulas en el ápice de las yemas; base del pecíolo de las hojas hipertrofiado. En inoculaciones artificiales se pueden presentar la formación de un cáncer en el sitio de la inoculación. Las hojas de la escoba presentan generalmente clorosis.
Escoba látigo: El eje del brote aparece hipertrofiado, siendo más ancho en la base, adelgazándose hacia el ápice; las yemas axilares no se desarrollan o lo hacen brevemente; hay abscisión de las hojas, quedando las cicatrices sobre el brote; el ápice presenta un grupo denso de estípulas, generalmente más grandes de lo normal y persistentes. En algunos casos las estípulas se presentan acompañadas de hojas pequeñas y cloróticas. Las plántulas con escobas látigo pueden recuperarse y presentar un crecimiento aparentemente normal.
La penetración del hongo se efectúa por la base de la yema o por un nudo o entrenudo del brote en activo crecimiento. El hongo estimula la formación de un brote hipertrofiado.
Escoba típica: El eje principal del brote aparece hipertrofiado y presenta desarrollo de yemas axilares hipertrofiadas de una longitud considerable en ocasiones más largas que el eje principal.
Escoba látigo: Parecida a la descrita sobre plántulas. El brote no se presenta severamente hipertrofiado; hay un desarrollo leve de yemas axilares: abscisión de las hojas del brote; yema terminal con un penacho de estípulas persistentes.
Necrosis de la yema: En algunos casos la respuesta del tejido a la infección es severa y resulta en la muerte de la yema terminal. La infección puede progresar hacia abajo hasta la hoja subsiguiente, la cual puede presentar un chancro en el pedúnculo e hipertrofia del pulvínulo; posteriormente la hoja se necrosa. (Tovar, 1991)
Rama atrofiada: En ciertos casos la infección de la yema terminal resulta en una reducción o acortamiento de los entrenudos: las hojas se deforman y se quedan pequeñas; el brote continúa su crecimiento y en un ciclo posterior las hojas y las yemas tienen una apariencia sana. (Tovar, 1991)
La penetración del hongo a nivel de cojines pueden realizarse a través de la flor, la cual se necrosa sin hipertrofiarse, permaneciendo adherida al cojín, o a través del ovario fecundado.
Escobas vegetativas del cojín: Estas escobas presentan características similares a las yemas vegetativas. En el extremo de los brotes pueden observarse vestigios de las estructuras florales.
Proliferación de flores: Algunos cojines infectados presentan un ramillete denso de flores con pedicelos largos y compuestos, generalmente hipertrofiados.
Frutos chirimoyos: Las flores individuales surgidas sobre cojines infectados pueden desarrollar frutos partenocárpicos redondeados, en forma de fresa o chirimoya; el pedicelo aparece comúnmente hipertrofiado y cuando se necrosa prematuramente el fruto se queda muy pequeño; cuando el pedicelo no se necrosa el fruto crece hasta alcanzar una longitud entre 4 y 8 cm. El fruto muere prematuramente en el transcurso de 4 a 6 semanas.
Frutos zanahorias: Los frutos de flores polinizadas sobre un cojín infectado pueden presentar predícelos hipertrofiados de forma alargada y de apariencia normal; sin embargo estos frutos se necrosan prematuramente y no superan los 10 a 15 cm. de longitud. (Tovar, 1991)
Los síntomas de frutos infectados directamente son muy variados y dependen de la edad al momento de la infección y del fenotipo del fruto. Los síntomas en los frutos son morfológicos o externos e histológicos a nivel de la corteza, el mucílago y las almendras.
Frutos con lesiones necróticas: Los frutos presentan una o varias lesiones necróticas oscuras, irregulares, alargadas, de aspecto alquitrano so, ya sea sobre el surco o sobre el lomo, casi siempre rodeadas de una zona amarilla. La corteza es gruesa con sectores abultados o hipertrofiados y, en corte, se observa parcialmente afectado, mostrando bandas necróticas de penetración del hongo que corresponde con las manchas superficiales; mucílago entre líquido y sólido de color amarillo; semillas deformadas, algunas con hidrólisis de los cotiledones.
Frutos con lesión necrótica extendida: A partir de la lesión necrótica principal, irregular y de color oscuro se extiende un pardea miento marrón oscuro sobre toda la superficie del fruto entremezclado con zonas amarillas. En la parte inferior de la corteza presenta necrosis en líneas ondulantes que corresponden con la lesión exterior: mucílago salido de la parte afectada, almendras deformadas, con hidrólisis de los cotiledones. El hongo avanza por el mucílago destruyendo los cotiledones.
Frutos con zonas de maduración prematura: El fruto verde presenta un mosaico de zonas amarillas. En el interior, la corteza presenta puntos necróticos de diferentes tamaños a lado y lado de la capa dura que separa la corteza de las semillas: mucílago sólido en la parte periférica y de color marrón oscuro; algunas almendras destruidas y en otras aparecen cotiledones desarrollados de color violeta.
Frutos con lesión necrótica deprimida: La lesión puede localizarse en la base del fruto. Cerca del pedúnculo, en la parte media o cubrir una zona amplia desde la mitad del fruto hasta su ápice. La lesión es de bordes irregulares muy oscura y fuertemente deprimida, rodeada por un a zona amarilla bastante amplia. En la parte interior y a partir de la zona necrosada en el exterior el hongo se disemina envolviendo la placenta, dando la apariencia de una faja necrótica que rodea el conjunto de almendras y mucílago; mucílago preferentemente líquido; almendras deformes en su casi totalidad y con hidrólisis de los cotiledones. Algunas semillas presentan sus cotiledones intactos de color violeta. Este síntoma se presenta en frutos de edad avanzada.
Frutos parcialmente maduros con zonas verdes de diferente tamaño: Los frutos casi siempre maduros presentan zonas e islas verdes de diferente tamaño. El tamaño de la zona verde no guarda una relación directa con la cantidad de almendras destruidas. En algunos casos la destrucción de almendras es casi total, y en otros casos, la pérdida de almendras es parcial. Estas manifestaciones corresponden, por lo general, a infecciones tardías del fruto.
